由于電子廠對環境的要求較高，因此潔凈工程具有特殊的施工難點。隨著電子行業生產工藝的不斷突飛猛進，國內電子廠房對生產環境的控制要求有了更高的要求，如果過于干燥則電子廠房內極易產生靜電，造成CMOS集成電路損壞，濕度過高又產生產品裂紋，造成成品率下降。為了保證產品的出廠品質，必須對生產電子廠房的溫濕度進行嚴格控制，濕度控制在此也尤為重要。
　一、潔凈工程的施工難點：
　　1、高空作業。一般我們得先把地板層做起來，再以地板層為界面分為上下兩個層面進行施工。這樣才能保障安全，減少整個施工的難度。
　　2、潔凈工程的大工廠需要大面積精度控制。我們得配置專業的測量人員，大工廠需要大面積精度控制在實施的要求范圍之內。
　　3、全過程要求潔凈施工控制。潔凈車間的施工不比其他車間的施工，需要有對潔凈的管控。潔凈的控制從開始施工到結束施工都要嚴格管理，這樣才能保證建造出來的潔凈工程是合格的。
　　二、潔凈工程的施工特點：
　　1、工期短。建設方須盡快進行生產，以短期取得投資回報。
　　2、潔凈工程品質要求非常高。潔凈廠房的品質將直接影響電子產品良品率的高低。
　　3、建潔凈工程復雜度高。建潔凈工程所需技術涵蓋各行業、專業知識更加復雜。