GMP凈化車間是一個綜合性的整體，工程選址、總平面設計、車間分配、設備選擇和相關產品質量標準都是常見的一些問題，在設計方案中都會寫明，防止污染問題出現。但在GMP凈化車間中也會出現一些問題，如果不注意都會引起更大的連鎖反應，花費凈化工程價格更高的費用來彌補這些過錯。
GMP凈化車間的中央空調看重能耗，設計與施工中需要注意節能方法，在整體規劃中，送風量核算，溫度與相對溫度的分辨，潔凈等級與換氣次數等都需要考慮進去。除此之外，通風管道、氣流阻力與密封情況也或多或少有一些影響。
　　風管與經濟功率在凈化調體系中，可以經濟有效的送風，價格少、方便施工、后者密封性較好，不漏氣、不發塵、耐腐蝕。有時候管道阻力高于風管沿程阻力，需要改善。管道分為各種通道管，彎管中心曲徑大于風管邊長斷面風管內加導流片，消減阻力。GMP凈化車間在實際施工中，可以讓矩形分管的三通要順其流支管也應有曲率半徑。
　　GMP凈化車間對于氣候條件選擇空調箱，比如冬天氣溫低、空氣含塵量大，可以使用新風預熱，也可以對空氣進行熱溫處理。在氣候濕潤的地方，空氣含塵濃度較低，冬天不需要增加預熱。經過中效過濾和終端高效或亞高效過濾，空調箱配套風機變頻風機，不只節能還可以調理風量風壓。
　　現在有的生產廠家使用操控風量和風壓調理，由于操控風量和風壓調理閥門，在吊頂也都是彩鋼板的吊頂，根本上都是設備調試好，就沒有在整理過，實際上也無法調理。為了保證GMP凈化車間正常生產和作業，一套完好的自控設備，完成下面功能，潔凈室空氣潔凈度、溫濕度、壓差、風閥;高純氣體、純水和冷卻水溫度、壓力檢測。
　　凈化空調體系空氣過濾器阻力增大，為堅持風量需要體系中的風閥。在調試時發動時，為使風機發動，風機出口封閉，承受壓力，打開很困難。使用空氣過濾器后壓差改變，送風量調理會十分簡單，送風壓力穩定，監控這些單個體系張亮，操控體系，也可以集散式計算機踩空和辦理體系。
　　在GMP凈化車間安裝相關安全設施，減少人員在潔凈區域走動，減少發塵量，也可以在發生火災時與外部聯絡，正常作業聯絡條件，火災報警體系，避免火情發生造成損失。