潔凈廠房的空氣凈化設計總的原則為嚴格區分獨立與聯合、嚴格區分直流與循環、嚴格區分正壓與負壓，防止污染，有利于整潔。潔凈廠房內各潔凈室的空氣潔凈度等級應滿足生產工藝對生產環境的潔凈要求，并選用不同的氣流流型。以制藥行業為例，潔凈室的溫度和相對濕度應與藥品生產工藝要求相適應。生產工藝對溫度和濕度無特殊要求時，空氣潔凈度為 Ａ 、Ｂ級的潔凈室溫度為20～24℃ ，相對濕度為45％～60％ ；空氣潔凈度為Ｃ 、Ｄ級的潔凈室溫度為18～26℃ ，相對濕度為45％～65％ ；Ａ 級潔凈區通常采用單向流流型，工作區截面風速設置為0.45ｍ /s ±20％ 。Ｂ 、 Ｃ 、 Ｄ 級潔凈區采用非單向流，設置合適的換氣次數來滿足規定的空氣潔凈度。不同等級的潔凈室之間的壓差不宜小于5Pa ，潔凈區與非潔凈區之間的壓差不小于5Pa ，潔凈區與室外的壓差不小于10Pa。當生產 β － 內酰胺結構類藥物、青霉素等強致敏性藥物、激素類、細胞毒素類如抗腫瘤類藥品、高活性化學藥品等產品時，其凈化空調系統應獨立設置，需要特別注意的是，生產青霉素類高致敏性藥品，不僅要有獨立的空調系統，還要有獨立的廠房與設施。