凈化車間工程的氣流組織與一般空調房間有所不同，它要求將干凈的空氣送到操作部位，它的作用在于限制和減少對加工物的污染。為此，在設計氣流組織時應考慮這些原則：盡量減少渦流 ，避免將工作區以外的污染帶入工作區；盡量防止灰塵的二次飛揚以減少灰塵對工件的污染機會；工作區的氣流要盡量均勻，且其風速要滿足工藝和衛生要求，當氣流向回風口流動時要使空氣中的灰塵能有效的帶走。根據不同的潔凈度要求，選擇不同的送、回風方式。

  要保證送風潔凈度符合要求，關鍵是凈化系統末級過濾器的性能和安裝。凈化系統末級過濾器一般采用高效過濾器或亞高效過濾器。潔凈車間大部分凈化廠房尤其電子工業用的潔凈廠房都有嚴格的恒溫、恒濕的要求，不僅對廠房內的溫、濕度有嚴格的要求，而且對溫度和相對濕度的波動范圍也有嚴格的要求。這里每個潔凈度級別似乎都有兩類過濾器可供選擇，選擇高性能的還是低性能的，要視具體情況而定：當環境污染嚴重，或室內排風比例很大，或該潔凈室特別重要，需要較大安全系數，在這些或其中之一情況下，均要選擇高一類過濾器；反之可選擇較低性能過濾器。對0.1mum粒子要求控制的潔凈室，不論控制的粒子濃度高低均要選擇D類過濾器。以上所述僅從過濾器角度出發，實際上要選擇好過濾器還要全面考慮潔凈室特性、過濾器特性和凈化系統特。