潔凈室內只布置產品生產所必要的工藝設備以及有空氣潔凈度等級要求的工序和工作室。這樣做的目的是盡可能地減少造價高、運行費用貴的潔凈室的面積，為此，通常情況下是將沒有潔凈度等級要求的產品生產工序、工藝設備、工作室以及公用動力設施均設置在非潔凈室內。

潔凈室設計先要了解所設計的潔凈室的用途、使用情況、生產工藝特點等，比如設計的是集成電路生產潔凈車間，先要弄清產品的特性集成度、特形尺寸和生產工藝特點；對潔凈室的要求空氣潔凈度等級、溫濕度及其控制范圍、防微振、防靜電和高純物質的供應要求等。

確定各類生產工序(房間)的空氣潔凈度等級和各種控制參數、溫度、相對濕度、壓差、微振動、高純物質和純度及雜質含量；初步選擇潔凈室的氣流流型并進行凈化空調系統的初步估算及設計方案的對比、確定；進行潔凈廠房的平面布置、空間布置，此時必須先安排好產品生產區與生產輔助區、動力公用設施區的合理布局，通常是順應產品的生產工藝流程，在確保產品生產環境要求的情況下做到有利于產品生產的操作、管理，有利于節約能源、降低生產成本。在進行潔凈室的平面布局時必須符合**的現行規范中有關安全生產、消防、環保和職業衛生方面的各種要求；在進行潔凈室平面布局時應充分考慮人流、物流的安排，盡力做到短捷、流暢。在空間設計時應充分考慮產品生產過程和潔凈室內各種管線、物流運輸的合理安排。在確定潔凈室廠房的平面、空間布置后，對潔凈室設計涉及的各個專業提出設計內容、技術要求及設計中應注意的相關問題。